Nach 1945 musste das Stadtarchiv mit seinen Beständen eine Wanderung durch verschiedene Gebäude der Stadt unternehmen, bis es 1951 zusammen mit dem neu gegründetem Verwaltungsarchiv im Rathaus untergebracht wurde. Seit 1956 gibt das Stadtarchiv Jahr für Jahr den Dessauer Kalender heraus. In Bernhard Heese, Dr. Hans Harksen und Dr. Ulla Jablonowski hatte das Stadtarchiv überaus verdienstvolle Archivleiter. Seit 1993 nutzt das Archiv, das seit 1982 eigene Räumlichkeiten außerhalb des Rathauses besaß (1982-1992 Albrechtstraße 10, 1992-1993 Meisterhaus Ebertallee 67), das Gebäude Lange Gasse 22, ein um 1898 errichtetes Papierlagerhaus der ehemaligen Druckerei Dünnhaupt. 1997 wurde das Stadtarchiv mit dem im Rathaus befindlichen Verwaltungsarchiv vereinigt.